(1)目前在用的绝大部分是钢筋混凝土结构的老式屋顶水箱，水箱本身有缺陷。其内壁较粗糙很容易附着污垢、滋生青苔；密封性较差，外界污染物如灰尘、小昆虫易进入水箱污染水质。
(2)由于屋顶水箱属于房屋产权单位所有，不少产权单位对水箱管理不到位。有的水箱没有盖上，老鼠、鸟类等小动物淹死在水箱中，污染水质。水箱得不到定期清洗，污垢、青苔、铁锈等在水中形成二次污染。
(3)随着近几年来城市供水状况的改善，部分地区的水箱高峰时也能够进水，水箱边进水边出水，易形成短流，局部区域成为死水区，长期下来水质变差，余氯量降低，容易孳生病菌，引起二次污染。
(4)大多数屋顶水箱是用浮来控制进水的，浮球阀球阀容易损坏，特别是在水压较高的地区，导致水位超过溢流管口流入下水系统，这也是造成总表、分表水量差的一个原因。
随着城市生活水平的提高，居民对饮用水水质的要求也越来越高。通过加压站建设和管网改造，供水系统供水能力完全能满足城市多层建筑的供水需求。鉴于使用水箱所存在的二次污染及其他问题，建议广大市民取消屋顶水箱使用，实现直接供水。
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